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OpenEye应用案例五:基于相似性筛选、对接筛选和分子动力学模拟研究发现新型hAChE抑制剂
本研究结合静电相似性筛选、对接筛选和分子动力学模拟发现了7个新型的潜在的阿尔茨海默病治疗药。
OpenEye应用案例四:基于蛋白和配体相互识别的物理化学性质发现CDK9抑制剂
在本研究中,我们选择靶标蛋白CDK9,使用计算机辅助虚拟筛选的方法发现潜在抑制剂。研究使用形状相似性筛选和静电相似性筛选,以及分子对接、活性位点分析、ADME预测的方法从ZINC数据库中发现潜在的先导化合物ZINC91953032。计算结果表明化合物ZINC91953032可以作为抗肿瘤抑制剂进行后期临床研究。
OpenEye应用案例三: 基于ROCS和EON发现靶向STAT3 DNA的小分子抑制剂
信号转导及转录激活因子3(STAT3)参与慢性炎症、氧化应激等生物学效应,还参与细胞的凋亡及增殖、组织的修复和再生等,也可以抵抗压力负荷,并普遍存在于任何动物体内。STAT3容易被酪氨酸(Tyr705)激活并被细胞表面的酪氨酸激酶磷酸化,随后发生二聚化,核转位,并与基因DNA中特定位置结合,激活转录活性。在正常细胞中,STAT3信号通路的激活是受到严格控制的。在异常细胞中,通过上调其下游基因bcl-2、细胞周期蛋白D1和血管内皮生长因子(VEGF)等等来激活STAT3信号通路,从而诱导细胞增殖并阻止癌细胞的凋亡。临床研究发现,磷酸化STAT3(pSTAT3)大量存在于卵巢癌,结肠直肠癌,胃癌,胰腺癌,肾癌和宫颈癌的患者体内。
OpenEye应用案例二:综合利用多种虚拟筛选方法发现新型Eg5抑制剂
研究中,我们综合使用了多种虚拟筛选方法,成功的发现了Eg5蛋白的特异性抑制剂YL001。并通过活性测定和抗肿瘤活性测定发现YL001具有很强的抗肿瘤活性。研究结果表明,Eg5蛋白抑制剂YL001有希望发展成为癌症治疗药物。
OpenEye应用案例一:基于ROCS和EON发现新型的三阴性乳腺癌选择性抑制剂
三阴性乳腺癌(TNBC)是乳腺癌的一个亚型,占乳腺癌的15%~20%,临床上具有复发高、转移早和预后差等特点。因其雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和人表皮生长因子受体(HER2)表达均阴性,所以靶向治疗很难。因此发现新型TNBC治疗药物非常重要。
OmicSoft 案例一:使用OmicSoft OncoLand进行药物靶点和生物标志物研究
GEO、TCGA和其他公共肿瘤学数据资源是生物学家、生物信息学家等进行数据挖掘的宝库,使用OmicSoft OncoLand人工整理收录的数据集资源可以加速生物标志物发现的过程、提高可靠性。
Phoenix (WinNonlin NLME IVIVC toolkit)问答集锦
为了广大用户可以更快速、更深入的掌握Phoenix平台的分析工具,我门将客户遇到的问题及解答进行了整理,挑出了其中一些典型的和常见的问题分享给大家,供大家学习和交流。
Pirana案例2:Pirana调用R时常见报错及其解决方案
在刚开始学习使用Pirana这个便捷的定量药理学模型分析管理工具的时候,因为Pirana连接有很多第三方工具,这些第三方工具有些我们相对熟悉,有些知之甚少,这导致我们容易遇到一些表现相似却原因各有不同的一些问题;本文介绍了一些在使用Pirana软件调用R脚本时常遇到的问题,并予以了解答,供读者参考。
Pirana案例1:Pirana的安装与激活(Windows系统版)
在Windows系统下安装Pirana软件,并为Pirana导入许可证。
WinNonlin案例20:单物种异速缩放——简单的异速缩放(3)
由动物数据外推人体药代动力学参数(下文简称为“外推”)是药物开发的重要工具。异速缩放是外推方法中的一种,该方法拥有许多支持者,并且基于异速缩放,人们已经提出了许多不同的方法和技术来优化从动物到人类的药代动力学参数的预测。
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