AI计算模拟
AI COMPUTATIONAL SIMULATION
AI计算模拟
以AI、大数据分析及数字化工作流为基础的综合计算模拟解决方案
IPA(Ingenuity Pathway Analysis)
组学数据通路分析和网络构建工具

深度挖掘生命科学核心研究领域
中复杂的生物和化学关系

Ingenuity Pathway Analysis (IPA®)介绍

Ingenuity Pathway Analysis (IPA®)是一款一体化的基于网络的生物信息学分析软件,适用于基因表达、miRNA和SNP微阵列及代谢组学、蛋白质组学等数据的分析、整合和理解。IPA®还适用于生成基因、化合物的各类实验的数据分析。IPA®从生物学通路角度,助您挖掘实验数据中隐藏的生物学意义,揭秘实验数据价值。该软件以Ingenuity Knowledge Base高度结构化且内容丰富的生物学和化学发现为基础。


应用

IPA帮助您揭秘下列领域的数据背后的发现:
- 转录组学
- 生物标记物发现
- miRNA研究
- 毒物基因组学
- 代谢组学
- 药物再定位
- 蛋白质组学
- 因果网络分析



转录组学

生物标志物发现
IPA 可以帮助您分析几乎所有
的转录组学相关的问题和应用

鉴定实验数据集中具有潜力
和最相关的生物候选物



MicroRNA 研究

毒理基因组学
鉴定microRNA 研究中
生物性最相关的靶点

提供候选化合物毒性和
安全性评估



代谢组学

NGS/ RNA-Seq数据分析
将您的代谢组学数据与
Ingenuity Knowledge Base中
丰富的通路和过程信息关联

更好地理解分析由RNA-Seq
实验得到的异构体特异性的
生物学意义



蛋白质组学

因果网络分析
帮助您回答设计蛋白组学
实验时遇到的生物学问题

帮助您建立更全面的调控网络,
便于您更好的了解基因数据背
后的生物学意义
支持的物种

人类、大鼠和小鼠,其他可以找到人类、大鼠和小鼠的直系同源基因的物种,如:拟南芥(Arabidopsis thaliana)、斑马鱼(Danio rerio)、果蝇(Drosophila melanogaster)等。


Ingenuity knowledge Base是IPA最核心的部分,它是一个及其专业的生物学相互作用和网络构建的数据库,收集了上百万的关于蛋白质、基因、化合物、细胞、组织、药物和疾病之间直接或间接的相互作用关系信息。这些相互作用关系包含了详尽的信息,以及已经发表的文献,这些知识信息由几百位博士专家整理并且审阅,确保其准确性。数据库中的这些信息被有机地整合在一起,能够让研究者通过相关的信息,或同义词来进行查询。因此,Ingenuity knowledge Base具有其他数据库无法比拟的知识信息储量和分析功能。


功能

IPA的各种分析功能

Causal Network Analysis
Causal Network Analysis可综合鉴定数据集中控制基因表达的上游分子。Causal Network Analysis除探索数据集中上游调节因子与目标分子之间的联系外,还揭示了与数据集靶点相关联的调节因子网络。以目的分子、疾病或功能为标准对因果网络进行评分,关注相关性最高的网络。




Comparison Analysis
Comparison Analysis可以采用Comparison Analysis热图快速显示经典信号通路分值随药物、剂量、时间或其他因素变化的趋势。按分值、层次聚类或趋势区分优先次序。



BioProfiler
了解相关基因以及化合物,对疾病或表型进行快速谱分析。鉴定已知的存在因果关系的基因作为潜在靶点,或者鉴定有毒性、与已知药物、生物标记物和通路相关的靶点。



Upstream Regulator Analysis
该分析可以预测可能引起基因表达变化现象的上游分子,包括miRNA和转录因子。



Mechanistic Network
Mechanistic Network可自动生成合理的信号通路级联,描述导致基因表达变化现象的潜在机制。

Downstream Effects Analysis
利用基因表达结果鉴定重要的下游生物学过程的上调或下调。
Pathway Analysis、Canonical Pathways、Overlapping Pathways、Pathway Import和评分利用这些分析确定受影响最大的通路。



Network Analysis
构建并探索转录网络、miRNA–mRNA靶点网络、磷酸化级联反应及蛋白质–蛋白质或蛋白质–DNA相互作用网络。鉴定从信号通路事件到转录效应等一系列调控事件。探索药物或靶点与相关基因或化学物质之间的联系,理解毒性反应。以与项目相关度最高的分子关系为基础编辑并拓展网络。



microRNA Target Filter
该过滤组件缩减了步骤数量,通过检查miRNA–mRNA对、探讨相关生物学背景并根据相关生物学信息及表达信息进行过滤,轻松、快速且可靠地鉴定mRNA靶点。microRNA Target Filter利用TarBase和miRecords提供的已经过实验验证的相互作用关系以及TargetScan预测的miRNA–mRNA相互作用关系,深入了解miRNA的生物学效应。此外,IPA还包括大量来源于同行评审文献的miRNA相关结果。



Tox List
Tox List将实验数据与临床病理学终点相联系,有助于理解药理反应并支持作用机制和毒性机制假设的建立。



Molecule Activity Predictor (MAP)
利用MAP研究子网络和经典信号通路,以及通过选择目的分子,显示上调或下调,并模拟网络或通路中下游分子引起的结果和上游活动建立假设。

Isoform View
利用Isoform view可以明确高通量RNAseq数据的生物学意义。利用功能蛋白结构域和异形体文献方面的信息,鉴定您实验中受到明显调控的异形体,并确定其潜在影响。



Gene and Chem View
利用IPA中的搜索功能,了解有关基因、药物、化学物质、蛋白质家族、正常细胞和疾病过程以及信号和代谢通路的最新发现。



Biomarker Filter
该过滤功能可以根据与发现研究最相关的生物学特性,快速鉴定优质的候选生物标记物。



Path Designer
Path Designer将网络和通路转换为可供发表的通路图,包括色彩、自定义文字和字体、生物学图标、细胞器和定制背景。使用IPA中保存的高质量内容扩展并了解通路。



Analysis Match
Analysis Match*自动挖掘IPA中其他相似或相反的核心分析的生物学结果进行对比,助力对结果的解释,或从已有的其他生物学机制中挖掘意想不到的潜在信息。




2021年IPA冬季更新
2022年IPA春季更新