在上篇中，我们介绍了如何使用Land Explorer评估关键marker，从GTEx基因表达视图、Human Cell Landscape视图寻找细胞特异性的表达模式。而且，我们也介绍了如何准备数据、批量上传单细胞差异表达基因的数据到IPA中，并进行批量分析。在中篇我们将深入查看IPA的批量分析结果。
1. 对比分析
核心分析完成后，您可以创建一个比较分析来并排比较核心分析结果（即把多个类型细胞簇的结果并排在一张图进行对比）。如下显示了Comparison Analysis的设置窗口：
图1：Comparison Analysis的设置和图例
比较分析的结果有数个选项卡：经典通路、上游分析、疾病和功能、调节因子效应等。下图显示了经典通路页面，如上部的树状图所示，就预测的经典通路活性而言，肝星状细胞和Kupffer细胞相互间比肝细胞更相似。在14周龄的肝细胞中，与肝功能有关的几种通路已经激活，例如与外源性代谢、胆固醇生物合成和急性期反应有关的通路。
图2：经典通路比较分析的局部
这种对经典通路进行对比分析的应用有没有文献案例呢？欢迎参考我们之前的推文《IPA揭示单细胞视角下小鼠食管上皮细胞群的通路调节》。
2. 总结性网络图
Graphical Summary利用了机器学习，对分析结果中的关键预测子集进行优先级排序和连接。
Kupffer细胞是在维持肝功能方面发挥关键作用的常驻肝巨噬细胞。在生理条件下，它们是靠前先天免疫细胞，保护肝脏免受细菌感染。
鉴于Kupffer细胞在肝脏中的作用，基因表达与免疫反应和免疫细胞发育是否是一致的呢？不出所料，IPA预测出了相关功能的激活（如下图），如单核白细胞的分化、巨噬细胞的吞噬作用，以及免疫调节因子如IRF7、IFNA2和BHLE40的激活。
图3：Kupffer细胞的Graphical Summary
同理，另外两种细胞的结果图中也可总结出关键的预测信息。可见，Graphical Summary有助于用户快速掌握各个细胞簇内通路的激活和抑制状态、以及关键的调节因子和功能影响。
图4：肝实质细胞（左）和肝星状细胞（右）的Graphical Summary
3. 经典通路的气泡图
在各个细胞簇的核心分析界面，您可以通过气泡图形式查看富集到的通路，以及他们激活和抑制的状态。
图5：肝星状细胞的经典通路气泡图
并且可以打开通路，查看各个基因的上调和下调情况。
图6：肝纤维化/肝星状细胞活化通路的局部
在下一篇推文中，我们会查看上游分析、下游分析的结果，找出生物学因果关系。
欢迎联系源资科技获取本示例中的单细胞分析数据，若您在分析时遇到问题，我们会竭诚为您解答。
