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December 12, 2022

Pirana案例2:Pirana调用R时常见报错及其解决方案

引言:

在刚开始学习使用Pirana这个便捷的定量药理学模型分析管理工具的时候,因为Pirana连接有很多第三方工具,这些第三方工具有些我们相对熟悉,有些知之甚少,这导致我们容易遇到一些表现相似却原因各有不同的一些问题;本文介绍了一些在使用Pirana软件调用R脚本时常遇到的问题,并予以了解答,供读者参考。


目录:

1. 缺少用于绘制所需的变量

2. 无法定向到对应文件夹,VPC图等无法绘制(快速刷新)

3. 单击运行脚本后毫无反应(无报错、也无结果)

4. 绘制出的图中有很多点的DV的值为0


1.缺少用于绘制所需的变量

问题描述:

运行某一个“R脚本(R Scripts)”后,出现报错,在“报错信息提示框”的下部可以看到类似图中的红色警告文字“The variable(s) *** were not found. Please check your output tables.”(未找到 “***” 变量,请检查您的输出的表格。)






问题分析:

出现该问题的原因是当前的“R脚本(R Scripts)”所绘制的图片需要一些指定的“变量”,而当前所选定的“模型”执行完成之后所输出的表格中可能没有包含这些必须的“变量”,进而导致该“R脚本(R Scripts)”无法正确执行,输出预期的图表。

解决方案:

1. 检查对应的“模型”的文件中所有的“$TABLE”语句块,确认是否缺少“报错信息提示框”所提示的“变量”。

2. 如果“$TABLE”语句块中缺少所需的“变量”,则在“$TABLE”语句块中添加该“变量”,然后重新执行当前的“模型”,之后重新在执行所需的“R脚本(R Scripts)”,以绘制出所预期的图形。

举例:

对于问题描述中的截图,提示缺少“CWRES”变量,则可按一下步骤操作,排除问题:

1.打开对应的“模型”的文件,

2.在“模型”的文件中的“$TABLE”语句块中添加“CWRES”变量

3.保存“模型”的文件

4.重新执行当前的“模型”

5.重新执行“R脚本(R Scripts)”




2.无法定向到对应文件夹,VPC图等无法绘制(快速刷新)

问题描述:

通过调用PsN的VPC命令执行,完成VPC模型的运行,但使用“R脚本(R Scripts)”绘制VPC图时出现一下述提示信息

“This script indicates that a folder with plotting info is required but no (appropriate) folders are currently linked with this model From the Pirana main window, either choose a model to which folder are linked, or select a specific folder directly and run the script”

(此脚本需要一个包含绘图信息的文件夹,但当前Pirana 主窗口中所选择的模型并没有任何一个(适当的)文件夹与此模型链接;用于应当选择一个已经链接到包含绘图信息文件夹的模型,或直接选择一个特定文件夹,然后运行此脚本)

相关截图:






问题分析:

使用当前的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形需要一些 “包含有绘图信息的文件夹”,这些文件夹对于当前的“R脚本(R Scripts)”来说是必须的;但是当前用户在Pirana主窗口中所选择的模型并没有链接到这样的文件夹,所以接下来,如果用户要继续使用当前的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形,用户要么为当前所选择的模型链接一个“包含有绘图信息的文件夹”,要么直接选择“包含有绘图信息的文件夹”,然后再次调用该“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形。

如果用户已经成功使用PsN的VPC命令成功完成了VPC的执行,选中对应“模型”后执行此“R脚本(R Scripts)”仍然出现该报错,则可能的原因是由于“模型”未自动与“包含有绘图信息的文件夹”建立链接所导致的。

解决方案:

方案一、启动自动“模型”与“结果文件夹”间自动建立链接的功能

操作步骤:

1. 鼠标左键单击Pirana菜单栏中的“View(视图)”菜单

2. 通过鼠标左键单击,将“Use fast refresh(使用快速刷新)”选项的选中状态切换为“未选中”状态

3. 单击工具栏中的“刷新/重载”工具按钮,刷新Pirana软件的主界面

4. 在Pirana软件的主界面中通过鼠标左键选中所需的“模型”

5. 重新执行所需的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形




方案二、手动建立“模型”与“包含有绘图信息的文件夹”间的链接

操作步骤:

1. 在Pirana软件的主界面中通过鼠标左键选中所需的“模型”

2. 鼠标右键单击该“模型”

3. 在右键菜单中依次选择“File actions(文件行为)” →“Attach folders to model(附件文件夹至该模型)”

4. 在新弹出的“Attach folders to model(附件文件夹至该模型)”窗口中左侧,选择需要附加至当前模型的“包含有绘图信息的文件夹”,然后鼠标左键工具按钮“+”,之后鼠标左键单击“Save & Close(保存并关闭)”按钮

5. 单击工具栏中的“刷新/重载”工具按钮,刷新Pirana软件的主界面

6. 在Pirana软件的主界面中通过鼠标左键选中所需的“模型”

7. 重新执行所需的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形






方案三、直接选择“包含有绘图信息的文件夹”执行R脚本

操作步骤:

1. 在Pirana软件的工具栏中,通过鼠标左键单击将“Filter on PsN/nmfe-generated folders(筛选PsN/nmfe所生成的文件夹)”单选框,将其切换为“All folders(显示所有文件夹)”模式,

2. 单击工具栏中的“刷新/重载”工具按钮,刷新Pirana软件的主界面

3. 在Pirana软件的主界面中通过鼠标左键选中所需的“包含有绘图信息的文件夹”

4. 重新执行所需的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形




3.单击运行脚本后毫无反应(无报错、也无结果)

问题描述:

在Pirana中选择一个“R脚本(R Scripts)”,并通过菜单选择执行该“R脚本(R Scripts)”后,操作系统无任何反应,既没有报错也没有结果生成。

问题分析:

这可能是由于Pirana软件无法正常调用操作系统的“cmd(命令与提示符)”工具导致的,此时可能伴有也无法通过Pirana执行任何模型运行命令。

解决方案:

在系统的环境变量“Path”中添加“C:\Windows\SysWow64\”路径,并保存。






4.绘制出的图中有很多点的DV的值为0

问题描述:

通过“R脚本(R Scripts)”出的图形中有很多的点的DV值0,进而这也导致一些残差图中有些异常,如下图




问题分析:

这是由于绘制图形时将原始中通过MDV或EVID排除掉的一些DV值也用于图形绘制所导致的。

解决方案:

1. 在“模型”文件中的“$TABLE”语句块中,添加输出“MDV”、“EVID”变量。(原始数据中即使没有MDV与EVID字段,也是可以输出的,并且最好输出)

2. 重新执行该“模型”

3. 重新执行所需的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形