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12/09
December 09, 2022

OpenEye应用案例七:虚拟筛选方法发现吡咯烷酮类化合物具有潜在的杀虫活性

前言

埃及伊蚊是传播登革热、黄热病、寨卡病和孔肯雅病病毒的主要媒介,对数百万人的生命健康构成严重威胁。世界卫生组织报道,目前全世界128个国家、39.7亿人面临登革热病毒感染的风险。每年约有3.9亿例登革热感染,9600万出现临床症状。而目前并没有治疗登革热的有效药物。目前控制登革热病毒传播的重要手段之一是使用速杀性化学杀虫剂(如有机磷、氨基甲酸酯、拟除虫菊酯等)进行超低容量喷雾和滞留喷洒迅速杀灭成蚊。但是该方法存在杀虫剂残留问题,会引发一系列环境污染问题。

文献调研发现,昆虫的乙酰胆碱酯酶和保幼激素是研发新型绿色抑制剂的重要靶标。其中乙酰胆碱酯酶(AChE)是昆虫神经系统中重要的酶系之一。AChE的作用是及时分解神经递质乙酰胆碱,从而终止神经冲动在中枢及周边神经系统中的继续传递,终止神经递质对突触后膜的兴奋作用,抑制乙酰胆碱酯酶的活性最终导致动物的麻痹甚至死亡。保幼激素(JH)是重要的一类昆虫激素,主要调控昆虫的生长、发育、变态和生殖功能。其抑制剂能阻碍或干扰昆虫正常发育,使昆虫个体生活能力降低、死亡。本研究就是针对这两个安全、高效的靶标进行筛选,并发现新型具有杀虫活性的化合物。


实验过程



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   图1 实验过程


研究选择吡咯烷酮作为模板分子,使用ROCS和EON方法搜索ZINC数据库,选择命中的前100个化合物进行药代动力学和毒理学性质研究,得到14个符合条件的化合物。最后进行杀虫活性和乙酰胆碱酯酶活性预测,并选择预测活性良好的2个化合物进行分子对接研究。


实验结果

1. 药代动力学和毒性性质

研究经过形状相似性(ROCS)筛选、静电相似性(EON)筛选、药代动力学和毒理学性质预测得到14个符合条件的化合物。通过评价命中化合物的吸收、代谢、分布和排泄的参数(表1),比如:MW(分子质量)、QP logKp(皮肤渗透性)、HB donor(氢键供体数)、HB acceptor(氢键受体数),发现所有化合物都能符合Lipinski类药五规则,只有5个化合物不符合Jorgensen类药三规则。因此,通过虚拟筛选命中的化合物都具有较好的口服生物利用度。

化合物的毒性性质预测结果表明,有5个化合物表现出低毒性。这5个化合物分别为:ZINC13537284、ZINC00001021、ZINC01530718、ZINC00000257和ZINC00001624,它们都没有表现出肝细胞毒性、皮肤过敏性和致畸性等,是较安全的潜在抑制剂。


   表1 命中化合物的药代动力学性质的预测结果


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   表2 命中化合物的毒性性质的预测结果


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2. 生物活性预测

研究使用PASS网站对命中的5个具有较好药代动力学和毒理学性质的化合物(图2)进行生物活性预测(表3)。其中化合物ZINC00001021和ZINC00001624表现出可能的杀虫、乙酰胆碱拮抗剂和乙酰酯酶抑制剂的活性,可能性大于0.4,是潜在的新型杀虫剂。



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   图2 命中的5个化合物结构


   表3 化合物的生物活性预测结果


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   注:Pa表示可能的活性概率;Pi表示可能的非活性概率


3. 分子对接研究

研究将5个化合物对接到果蝇的乙酰胆碱酯酶(1QON)、人的乙酰胆碱酯酶(4EY6)、埃及伊蚊的保幼激素(5V13)的晶体结构中。结果发现化合物ZINC00001021和ZINC00001624与果蝇的乙酰胆碱酯酶的结合亲和力分别为−10.5 kcal/mol、-9.2 kcal/mol。ZINC00001021和ZINC00001624与人的乙酰胆碱酯酶的结合亲和力分别为−9.9 kcal/mol、-10.3 kcal/mol,比已知抑制剂pyriproxyfen的结合亲和力−9.1 kcal/mol还要高。化合物ZINC00001021和ZINC00001624与伊蚊的保幼激素的结合亲和力分别为-11.4 kcal/mol、-10.4 kcal/mol。由三个蛋白的对接结果可以看出,筛选命中的2个化合物比已知抑制剂的活性还要好。对接相互作用分析也发现,与它们相互作用的氨基酸与已知抑制剂相似。化合物ZINC00001624与残基Phe144、Tyr64、Trp53、Val65、Val68、Leu72、Leu74、Val51和Ty33有较强的相互作用。化合物ZINC00001021与残基Try33、Val51、Trp53、Val65和Val68的相互作用较强。因此,对接结果表明命中的2个化合物具有潜在的杀虫活性。


4. 毒性评估

一般环境中存在的农药多半是半挥发性有机物(SVOCs)。它们的分布与蒸汽压、水溶性等物理化学性质有关,同时也受温度、湿度等环境条件的影响。虚拟筛选命中的化合物ZINC00001021的LD50是1000 mg/kg,毒性等级属于第Ⅳ类,和已知抑制剂的毒性类别相同。化合物ZINC00001624的LD50是349 mg/kg,毒性等级属于第Ⅲ类。毒性评估结果证明了虚拟筛选命中的化合物ZINC00001021、ZINC00001624可以作为潜在的安全性高的杀虫剂进行研究。


   表4 化合物的毒性预测结果


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结论

研究使用形状相似性(ROCS)筛选、静电相似性(EON)筛选和药代动力学毒理学性质预测等方法从ZINC数据库中筛选到2个(ZINC00001624、ZINC00001021)具有潜在杀虫活性的新化合物。命中的2个化合物的毒性风险评估结果表明,化合物ZINC00001624具有抑制人和昆虫的乙酰胆碱酯酶的活性,化合物ZINC00001021与保幼激素表现出较好的相互作用。因此,虚拟筛选发现的化合物ZINC00001021和ZINC00001624可以作为潜在的杀虫剂用来杀死埃及伊蚊,阻断登革热等病毒的传播。


使用模块:ROCS、EON


参考文献:

Ryan da Silva Ramos, Josivan da Silva Costa, Rai Campos Silva, et al. Identification of Potential Inhibitors from Pyriproxyfen with Insecticidal Activity by Virtual Screening. Pharmaceuticals 2019, 12, 20. doi:10.3390/ph12010020