新版发布：CLC Genomics Workbench 22.0

作为一款受欢迎的测序数据分析平台，CLC近日发布了新版本22.0。本文将详细介绍这个最新版本中主要的更新。

作为一款受欢迎的测序数据分析平台，CLC近日发布了新版本22.0。本文将详细介绍这个最新版本中主要的更新。

模板工作流

模板工作流（Template workflow）位于工具箱（Toolbox）中。可以按原样运行这些工作流，也可以根据您的需要进行复制和自定义。提供的模板工作流包括：

◆ Identify DNA Germline Variants–用于检测DNA序列数据中的种系变体。
◆ RNA-Seq and Differential Gene Expression Analysis–在单个样本上运行RNA-Seq分析，然后在这些样本的不同组之间执行差异表达分析。
◆ Prepare Raw Data–在进一步分析数据之前，用于read的质量报告和adaptor修剪。

用于注释和操作序列列表的工具

Toolbox | Utility Tools中的新Sequence Lists文件夹包含用于处理序列列表的工具。包括原有工具（新名称和扩展功能）和新工具：

◆ Split Sequence List（新工具）：拆分核苷酸或肽序列列表。输出可以是指定数量的列表、包含指定数量序列的列表，或包含具有特定属性值（例如描述中的术语）序列的列表。
◆ Update Sequence Attributes in Lists（新工具）：在列表中更新和添加序列的相关信息。例如，可以根据Excel文件中提供的信息更新说明，或添加新的信息类型。
◆ Create Sequence List（原有工具）。从序列元素和/或序列列表元素创建新序列列表。以前仅在File | New menu中可用。

模板工作流

模板工作流（Template workflow）位于工具箱（Toolbox）中。可以按原样运行这些工作流，也可以根据您的需要进行复制和自定义。提供的模板工作流包括：

◆ Identify DNA Germline Variants–用于检测DNA序列数据中的种系变体。
◆ RNA-Seq and Differential Gene Expression Analysis–在单个样本上运行RNA-Seq分析，然后在这些样本的不同组之间执行差异表达分析。
◆ Prepare Raw Data–在进一步分析数据之前，用于read的质量报告和adaptor修剪。

用于注释和操作序列列表的工具

Toolbox | Utility Tools中的新Sequence Lists文件夹包含用于处理序列列表的工具。包括原有工具（新名称和扩展功能）和新工具：

◆ Split Sequence List（新工具）：拆分核苷酸或肽序列列表。输出可以是指定数量的列表、包含指定数量序列的列表，或包含具有特定属性值（例如描述中的术语）序列的列表。
◆ Update Sequence Attributes in Lists（新工具）：在列表中更新和添加序列的相关信息。例如，可以根据Excel文件中提供的信息更新说明，或添加新的信息类型。
◆ Create Sequence List（原有工具）。从序列元素和/或序列列表元素创建新序列列表。以前仅在File | New menu中可用。

访问Amazon S3和BaseSpace

◆ 启动工作流时从Amazon S3或BaseSpace导入数据
◆ 将工作流结果保存到Amazon S3
◆ 访问BaseSpace中的数据并配置区域BaseSpace位置

其他新功能

◆ MGI/BGI importer：MGI/BGI fastq格式文件的导入器。
◆ Rename Sequences in Lists：通过添加或删除字符或替换部分名称（可选使用正则表达式）重命名序列列表中的序列。
◆ Rename Elements：通过添加或删除字符或替换部分名称（可选使用正则表达式）重命名元素。
◆ Heat map graphics exporter：用于将热图导出为图形文件格式。
◆ 包含制表符分隔值（.tsv）的文件可以使用Standard Import作为表格导入。
◆ Export VDJ tools：以txt格式导出T-Cell VDJ repertoire。

访问Amazon S3和BaseSpace

◆ 启动工作流时从Amazon S3或BaseSpace导入数据
◆ 将工作流结果保存到Amazon S3
◆ 访问BaseSpace中的数据并配置区域BaseSpace位置

其他新功能

◆ MGI/BGI importer：MGI/BGI fastq格式文件的导入器。
◆ Rename Sequences in Lists：通过添加或删除字符或替换部分名称（可选使用正则表达式）重命名序列列表中的序列。
◆ Rename Elements：通过添加或删除字符或替换部分名称（可选使用正则表达式）重命名元素。
◆ Heat map graphics exporter：用于将热图导出为图形文件格式。
◆ 包含制表符分隔值（.tsv）的文件可以使用Standard Import作为表格导入。
◆ Export VDJ tools：以txt格式导出T-Cell VDJ repertoire。

优化了菜单架构和工具访问

◆ 新的顶级菜单：

Connections：与其他系统（如CLC Genomics服务器）连接相关的工具和功能。
Utilities：通用工具和功能的实用程序，如搜索工具、插件管理器、工作流管理器和参考数据管理器。

◆ 其他顶级菜单中工具内容和顺序的改进
◆ “收藏夹”选项卡列出了收藏工具和常用工具以便于访问。现在，除了工作台左侧底部的“工具箱”区域外，还可以在Launch dialog和工作流Add Elements dialog中使用“收藏夹”选项卡。

优化了菜单架构和工具访问

◆ 新的顶级菜单：

Connections：与其他系统（如CLC Genomics服务器）连接相关的工具和功能。
Utilities：通用工具和功能的实用程序，如搜索工具、插件管理器、工作流管理器和参考数据管理器。

◆ 其他顶级菜单中工具内容和顺序的改进
◆ “收藏夹”选项卡列出了收藏工具和常用工具以便于访问。现在，除了工作台左侧底部的“工具箱”区域外，还可以在Launch dialog和工作流Add Elements dialog中使用“收藏夹”选项卡。

RNA-Seq与表达分析的改进

◆ 在RNA-Seq分析中，改进了对chimeric protocols的支持。
◆ RNA-Seq分析在“Distribution of biotypes”表中报告频率为0的生物型。
◆ 当包含在工作流中时，可以仅使用一个样本作为输入来运行PCA for RNA-Seq和Create Heat Map for RNA-Seq，从而使它们能够用于多样本和单样本分析。
◆ 由Differential Expression for RNA-seq和Differential Expression in Two Groups产生的统计比较包括生物型（如果可以从用作输入的表达样本中获得时）。
◆ 使用带有miRNA输入的Create Expression Browser时，miRBase ID将被保留。
◆ 当在miRNA的“group on mature”表达表上进行Differential Expression for RNA-seq时，miRBase ID包含在统计比较表中。

Demultiplex Reads

◆ 除从本地文件导入条形码外，Demultiplex Reads现在还支持从表元素设置条形码。
◆ 条形码导入表格式已得到扩展，可以支持额外的列。
◆ 可以对条形码列进行排序。
◆ 运行包含Demultiplex Reads元素的工作流时，工作流向导可以计算预览并删除条形码，类似于直接从工具箱运行Demultiplex Reads时所看到的情况。
◆ 当提供多个元素作为输入时，“预览”窗格中的信息包括从这些元素中获取的信息。以前，只有第一个输入元素可用于此操作。

RNA-Seq与表达分析的改进

◆ 在RNA-Seq分析中，改进了对chimeric protocols的支持。
◆ RNA-Seq分析在“Distribution of biotypes”表中报告频率为0的生物型。
◆ 当包含在工作流中时，可以仅使用一个样本作为输入来运行PCA for RNA-Seq和Create Heat Map for RNA-Seq，从而使它们能够用于多样本和单样本分析。
◆ 由Differential Expression for RNA-seq和Differential Expression in Two Groups产生的统计比较包括生物型（如果可以从用作输入的表达样本中获得时）。
◆ 使用带有miRNA输入的Create Expression Browser时，miRBase ID将被保留。
◆ 当在miRNA的“group on mature”表达表上进行Differential Expression for RNA-seq时，miRBase ID包含在统计比较表中。

Demultiplex Reads

◆ 除从本地文件导入条形码外，Demultiplex Reads现在还支持从表元素设置条形码。
◆ 条形码导入表格式已得到扩展，可以支持额外的列。
◆ 可以对条形码列进行排序。
◆ 运行包含Demultiplex Reads元素的工作流时，工作流向导可以计算预览并删除条形码，类似于直接从工具箱运行Demultiplex Reads时所看到的情况。
◆ 当提供多个元素作为输入时，“预览”窗格中的信息包括从这些元素中获取的信息。以前，只有第一个输入元素可用于此操作。