CLC微生物模块功能简介

1.微生物群落的分类学分析
 
(1) 扩增子测序数据
 
1) 有参考基因组和无参考基因组的16S-，18S-，及其ITS rRNA数据的OTU聚类。下图为基于元数据信息聚合样本的展示，显示了BootA样本与1号样本在微生物组成上的高度相似性。
 

2) 支持通用分类法数据库Greengenes、Silva和UNITE及定制的数据库。
 

(2) 鸟枪宏基因组数据
1) 对宏基因组样本中微生物的测定具有比较高的精度和相对丰度。
2) 过滤掉来自宿主DNA的污染数据。
3) 若希望使用CosmosID深度整理的参考数据库，则用户可以使用CosmosID插件进行微生物组分析。
 
2. 微生物群落的功能性分析
 
1) 以一流的精度和性能组装注释宏基因组的元数据。
2) 通过序列相似性或分类学进行重叠分组（Contig Binning）
3) 使用PFAM、基因本体论（Gene Ontology）、BLAST和DIAMOND进行功能分析。
4) 宏基因组的功能注释需要 MetaGeneMark插件。

3.元数据的可视化和统计分析
 
1) 堆叠条形图、面积图和可缩放的旭日图（Sunburst Diagram）（下图），用于探索和比较宏基因组样本的分类和功能组成。
 

2) 用于Alpha和Beta多样性评估的多样性分析工具，用于比较样本间的多样性和组成相似性。
3) 基于微生物组成的2D和3D的主坐标分析（PCoA）图以及样本聚类热图。