CLC单细胞数据分析模块

单细胞测序技术作为一种高分辨率的技术，可以在单细胞水平快速构建组织或器官的分子图谱，了解基因调控机制，从而探索早期胚胎发育、组织及器官形成、免疫机制和肿瘤发生等分子机理。当然，对于高噪音、高维度的单细胞测序数据，同样需要特定的分析流程进行处理。单细胞分析流程通常包括：原始数据的质控、序列的比对、Barcode拆分和UMI处理、表达矩阵构建、细胞质控、批次效应矫正、细胞分群和差异表达基因计算等。

为了帮助科学家快速搭建单细胞数据分析流程，CLC Genomics Workbench v21版本推出了基于可视化操作界面的单细胞分析流程：

● 支持不同数据格式：Fastq、10X HDF5、Loom、Expression Matrix、Cell Cluster等
● 均一化和批次效应处理：基于sctransform算法进行均一化处理
● 数据降维：支持UMAP/t-SNE进行数据降维
● 细胞类型注释：基于training dataset 进行自动化细胞类型注释
● 差异表达基因：计算任意Cell Cluster之间的差异表达基因

CLC单细胞数据分析模块

单细胞测序技术作为一种高分辨率的技术，可以在单细胞水平快速构建组织或器官的分子图谱，了解基因调控机制，从而探索早期胚胎发育、组织及器官形成、免疫机制和肿瘤发生等分子机理。当然，对于高噪音、高维度的单细胞测序数据，同样需要特定的分析流程进行处理。单细胞分析流程通常包括：原始数据的质控、序列的比对、Barcode拆分和UMI处理、表达矩阵构建、细胞质控、批次效应矫正、细胞分群和差异表达基因计算等。

为了帮助科学家快速搭建单细胞数据分析流程，CLC Genomics Workbench v21版本推出了基于可视化操作界面的单细胞分析流程：

● 支持不同数据格式：Fastq、10X HDF5、Loom、Expression Matrix、Cell Cluster等
● 均一化和批次效应处理：基于sctransform算法进行均一化处理
● 数据降维：支持UMAP/t-SNE进行数据降维
● 细胞类型注释：基于training dataset 进行自动化细胞类型注释
● 差异表达基因：计算任意Cell Cluster之间的差异表达基因

数据导入

不同分析软件会生成不同格式的文件，为了最大化支持不同分析软件产生的结果，CLC Single Cell Analysis Module 可以支持导入10X Genomics HDF5、Loom、Expression Matrix、Cell Cluster等格式的数据。

细胞质控

单细胞样本在制备过程中会遇到多个细胞进入同一个液滴、没有细胞进入液滴、细胞凋亡等情况。CLC Single Cell Analysis Module基于reads数以及线粒体基因表达情况对细胞质量进行质控。

数据导入

不同分析软件会生成不同格式的文件，为了最大化支持不同分析软件产生的结果，CLC Single Cell Analysis Module 可以支持导入10X Genomics HDF5、Loom、Expression Matrix、Cell Cluster等格式的数据。

细胞质控

单细胞样本在制备过程中会遇到多个细胞进入同一个液滴、没有细胞进入液滴、细胞凋亡等情况。CLC Single Cell Analysis Module基于reads数以及线粒体基因表达情况对细胞质量进行质控。

细胞类型注释

CLC Single Cell Analysis Module开发了自动化细胞类型注释工具，基于已知细胞类型的表达谱数据进行模型训练，然后利用该模型进行细胞类型的注释。

UMAP/t-SNE

对于高维单细胞数据可视化，CLC Single Cell Analysis Module 提供了t-SNE和UMAP两种降维方法对细胞类型进行可视化展示。

细胞类型注释

CLC Single Cell Analysis Module开发了自动化细胞类型注释工具，基于已知细胞类型的表达谱数据进行模型训练，然后利用该模型进行细胞类型的注释。

UMAP/t-SNE

对于高维单细胞数据可视化，CLC Single Cell Analysis Module 提供了t-SNE和UMAP两种降维方法对细胞类型进行可视化展示。