企业动态
NEWS
企业动态
智能信息化赋能的紧密合作伙伴
信息技术引导决策创新、大数据分析及管理模式的升级
12/28
September 12, 2022

IPA 2022冬季新版发布!(附送交互式疾病网络图)

IPA新版发布,知识库数据量和数据集数量稳步上升!

十二月中旬,IPA发布了新版本,此版本Core Analysis和水平条形图的呈现进行了提升。目前,IPA知识库数据量已超过1200万条,数据集收录超过12万个。

功能更新

1. 更快地查看核心分析结果

在这个新版中,用户可以在Core Analysis开始运行后立即打开分析结果,一旦有结果产生即可实时地查看到。当分析的图标有一个时钟(),表示该分析正在排队等待处理,打开它会看到它在队列中的位置。开始处理后,图标会逐渐填充绿色()来显示完成的进度。一些结果选项卡通常在一分钟内即可完成分析,例如Canonical Pathways(名称简化为Pathways)、My Pathways、Tox Lists和My Lists,方便用户可以立即开始查看这些结果。

 

1:Summary选项卡截图,在分析进行过程中显示每个选项卡的状态, Done表示此标签页的分析已完成,且对应标签页的文字从灰色变为黑色。分析完全完成后,Summary选项卡会恢复为以往的Summary结果。


 

2:在其他部分仍然处于分析过程中(灰色标签页)时已完成的Pathways选项卡,其内容及交互性已完全激活。


2. 优化了用于发表的水平条形图

由于出版商倾向于使用数据紧凑的图标,以便节省期刊中的版面空间,所以在这个新版中,当以水平条形图显示结果时,条形的间距比之前更小,条形标签右对齐,如图 3 所示。

 

3:水平条形图的显示比原先更加紧凑。


3. 从网络和通路更快地访问基因视图、化学视图和疾病视图

在这个新版中,用户可以右键单击通路或网络中的任何节点,查看其相应的Gene View、Chem View和Disease View网页。

 

4:右键单击基因节点并选择“View Details”后,会在默认浏览器中显示其基因视图页面。


内容更新

本季度新增了超过12万项新发现,使得IPA知识库数据量超过1200万条。内容包括BioGrid的蛋白-蛋白相互作用、ClinVar的癌症突变发现、ClinicalTrials.gov的靶点-疾病发现和药物-疾病发现、Gene Ontology的发现、Mouse Genome Database的基因-疾病发现等。

 

Analysis Match、Activity Plot、Pattern Search中,用户可以探索超过12万个数据集(具体数据统计如下表),或是将它们与自己的数据集进行比较分析。

 

5Land数据集统计表。

交互式疾病网络图

在研究一种疾病时,了解所涉及的关键基因以及它们如何相互作用,了解它们如何驱动疾病的发生或进展,这些都是很重要的。为此,IPA团队利用基于文献的QKG(知识图谱)无监督机器学习模型创建了疾病和表型网络的知识库

 

该算法利用了从QKB中的因果关系派生的无监督基因和函数嵌入,与许多其他机器学习生物学应用程序不同,该算法不训练差异表达或其他形式的原始数据,而是利用了20多年来专家从生物医学文献中精选出来的QKB因果关联。有关该方法的详细信息,请参阅Krämer, et al.最近发表的论文。

 

这些网络图是通过算法生成的,通常包括该疾病的重要参与分子,并且还预测了QKB中以前不存在的许多新关联。其中一些预测可能有助于新发现,而且已经有文献证实了这些新发现。

 


扫码填写信息后即可免费获取交互式疾病网络图!

 

参考文献

Krämer, Andreas, et al. "Mining hidden knowledge: embedding models of cause–effect relationships curated from the biomedical literature." Bioinformatics Advances 2.1 (2022): vbac022.