2018年TRANSFAC数据库、geneXplain分析平台更新

2018-02-26 16:15:17　来源：源资科技市场部

TRANSFAC^®2018.1第一次更新
TRANSFAC^®数据库，包含转录因子、基因组结合位点和DNA结合motifs（PWMs），本次更新包括：

• 收录的转录因子上升到38个哺乳动物物种
  根据TFClass最新的发布，哺乳动物的转录因子数量已经达到了23000+的因子，囊括了羊、狗、恒河猴等38个物种，并且更具转录因子的分类将其映射到人的同源基因上。
• 从ENCODE中整合了小鼠和人类新的Chip-Seq实验
  本次更新整合了ENCODE phase 3 Project从2017年6月到9月76个新的人类转录因子结合位点ChIP-Seq实验。同时，也整合了ENCODE中小鼠的140个转录因子结合位点ChIP-Seq实验。实验共有4893699个片段被94个不同的转录因子结合，其中53个转录因子还没有包含在ChIP-Seq数据中。对于128个数据集，用相应的转录因子的位置权重矩阵与MATCH工具一起预测片段内3215450个优质结合位点。通过ChIP实验报告能够预测优质的结合位点以及FASTA和BED的格式完整的片段，并能够由用户指定距离范围内列出基因碎片。
• 整合JASPAR 2018矩阵数据库
  由JASPAR 2018更新的新的位置丰度矩阵也被TRANSFAC矩阵数据库收录，添加了57个矩阵样本，或者提供超级链接。

Ensemble版本更新
      基于Ensemble 90号更新，包括了基因、启动子、人、大鼠、小鼠、恒河猴和拟南芥的ChIP片段的基因组信息。

TRANSFAC^®统计

  本次更新，GeneXplain分析平台新增了生物信息数据分析的新工具。

• 新的分析功能
  GeneXplain分析平台新增了8个数据分析功能。这些功能包括下面选择：
• 位点分析
  Construct composite modules on track (correlation)——基于“基因集位点搜索”分析预测复合物模块。
  Cluster track——将一个track中的位点集群的工具，在将空间位点集合成一个大的集群时非常有用。
  Compute profile thresholds——自动计算profile的阈值，减少随机DNA测序中的假阳性和假阴性的工具。
  Create miRNA promoters——从给定的miRNAs名单中基于mirprom数据库提取miRNA启动子的工具。
  Get transcripts track——通过transcript ID从数据库中提取track的工具。
  Recalculate composite module score on new track——根据给出的CMA结果找出优质的composite model并且为指定的track的所有位点打分。
  Continue CMA——以之前的预测为起点进行composite model的进一步预测的工具，可以自定义预测参数。
• 统计
  Table Imputation——以行平均值来填充上传数据表格中的缺失值的工具。
• 全新的位点搜索分析HTML报告

  能够自定义生成一个位点搜索分析总结的HTML格式的总结，能够包括可视化的启动子，具有已识别的转录因子结合位点的富集区。这一报告能够导出到本地的电脑，用于与同事分享或者发表。

图一：所有的鉴定出的转录调节因子结合区域的汇总和相对应的转录调节因子名称的HTML报告。

 
图二：包含前三名富集的转录因子结合位点的可视化信息的HTML报告。（从上传的44个启动子找到了三个示例：V$PITI, V$HBP1 和V$MAZ）

• 全新的工具箱图标

  如今，geneXplain分析平台不仅是智能的生物信息分析平台之一，也是美观的平台。只需用鼠标点击我们最新的工具栏，很容易就能得到有意义的结果。

• 整合了2018.1更新的TRANSFAC^®、TRANSPATH^®和humanPSDTM数据库

  TRANSFAC^®数据库，包含转录因子、基因组结合位点和DNA结合motifs（PWMs），TRANSPATH^®哺乳动物信号和代谢通路，注重人体蛋白作为疾病的生物标志物和药物靶点的人类蛋白质组调查数据库（humanPSDTM）在2018.1发布的新版本与geneXplain分析平台整合。

PROTEOME™ (HumanPSD™+TRANSPATH^®) 2018.1第一次更新

  人类蛋白质组调查数据库 (HumanPSDTM) 包含了人体蛋白作为疾病的生物标志物和药物靶点，本次更新内容如下：

• 改进了由疾病报告搜索生物标志物的功能
  生物标记物可以通过与疾病相关的类型或生物标志物的实用性来检索，与疾病报告中生物标记物关联表中的类别相匹配。生物标志物可以直接输出或直接输入可视化工具PathwayBuilder或其他工具中进行后续分析。
• 增加疾病临床试验中的疾病数量
  从clinicaltrials.gov中和专家手动输入的最新数据增加了临床疾病试验人数664258人，及362881 CT-Disease-Drug的分配。
• TRANSPATH^®数据库包含哺乳动物的信号转导和代谢通路，本次更新如下：

癌症通路
      经典信号转导通路现在包含了一系列涉及各种癌症发育的通路分类。

PROTEOME™统计