IPA(Ingenuity Pathway Analysis)2017夏季更新

2017-08-10 00:00:00 来源:源资科技市场部

新闻摘要:IPA作为分子网络挖掘的平台式软件,每年有四次更新,不断完善软件的功能,为研究人员提供完善的,个性化的,易用的生物信息分析解决方案。本次更新,主要为IsoProfiler模块添加了人类组织相关的数据挖掘功能。

   IPA作为分子网络挖掘的平台式软件,每年有四次更新,不断完善软件的功能,为研究人员提供完善的,个性化的,易用的生物信息分析解决方案。本次更新,主要为IsoProfiler模块添加了人类组织相关的数据挖掘功能。

   本次于2017年6月30日更新:IsoProfiler添加了人类组织生物学背景

   本次更新使Isoprofiler能够访问GTEx组织表达数据,使您能够在从51个不同的人体组织RNA序列表达数据中无缝地探索表达谱数据。可以探讨以下问题:
       从实验数据集得到的差异表达的转录本是否只在一个几个特定组织中表达?例如,它会不会可能是在一个特定的组织中的药物作用靶标?
       该基因在同一个组织中会不会有其他的转录本表达?
       在实验数据及中有哪些转录本在肝脏中或是其他组织中中是特异表达的?
       在实验数据集中,转录本的组织富集结果如何?是否仅富集在一种或几种组织内?
       对于在实验数据集中一个给定的基因,在特定组织中,哪些转录本是高表达的,哪些是低表达的?

   GTEx内部的数据是采用OmicSoft(QIAGEN子公司)对原始FASTQ文件进行处理后,再由IPA团队采用Ensembl 88和RefSeq 80基因模型进行进一步处理,得到每个转录在各组织中的FPKM中位值。这些数据随后被导入到IsoProfiler,计算组织富集评分。因此,根据这个数据,Isoprofiler可以过滤你的RNA-Seq数据集并且获得转录本的组织富集度(详见Isoprofiler帮助)。

   图1显示了一个Isoprofiler窗口的部分内容:揭示了肝癌RNA-Seq数据集中通过“来源于数据集中”、“肝脏富集”、“蛋白质编码”、“与肝细胞癌相关(基于Ingenuity Knowledge Base)”等过滤条件得到了一系列基因信息:

图1:包括新的GTEx人体组织表达数据的Isoprofiler模块。图上显示从肝细胞癌数据集的过滤出一个基因子集的结果,可在IPA实例分析数据文件夹中找到(题为“HCC EM pool Tumor vs_ Normal 2016-09-30”)。Isoprofiler过滤器被设置为保留所有至少有一个转录本在肝脏中富集的所有基因,并且能够编码一个蛋白质,并且根据Ingenuity Knowledge Base与肝细胞癌相关的基因。在肝脏中的表达(基于GTEx)表示在列“肝(FPKM)”中,并FPKM值被认为在肝组织富集的基因用黄色高亮和粗体表示。在Isoprofiler帮助中,能看到IPA在组织富集的定义细节和如何使用这一更新。

   图二:您可以容易查看以线性图表示的选定基因的所转录本的表达。点击表达值为黄色高亮的FGL1-204基因表格的“3 tissues”链接,就能看到该基因在肝脏组织中高度富集,其表达值是其在其他51个组织的中位值的9000倍以上。

图2:GTEx人体组织的基因表达数据FGL1。在IsoProfiler的FGL1基因线图表明,fgl1-204亚型在肝脏中的表达比其他任何51个组织的表达高多了。X轴上列出的每个组织每个转录本在样本集的平均FPKM。

这个过滤结果表明FGL1(FGL1-204)可能是一个相关的生物标志物:它编码的蛋白与HCC相关特异的在肝脏中高表达。内含GTEx的Isoprofiler是一个独特的工具,能够针对RNA-Seq数据在转录水平进行创新性研究。


注:具备Isoprofiler模块只能在IPA高级分析模块下运行。


【责任编辑:(Top) 返回页面顶端
Copyright © 2008 - 2020 Tri-ibiotech.com All Right Reserved. | 备案许可证: 沪ICP备11020704.