近日，我们迎来了IPA发布的2024年春季新版，此版本新增经典通路过滤功能，知识库生物学证据达1,330万条，公共数据集达20万个。

功能更新

在比较分析热图中按名称搜索和过滤经典通路

在比较分析（Comparison Analysis）窗口中，用户可以在通路名称中搜索关键词，快速选择想要在热图中显示的经典通路子集，这有助于定制化热图结果，方便导出图像供演示或发表。

图注：在通路名称中键入关键词即可将热图结果聚焦在感兴趣的通路上。

内容更新

1. 新增的经典通路

• Cohesin Chromatin Regulation Pathway

黏连蛋白染色质调节通路

• Hematoma Resolution Signaling Pathway

血肿消退信号通路

• Histone Modification Signaling Pathway

组蛋白修饰信号通路

• Nuclear Cytoskeleton Signaling Pathway

核细胞骨架信号通路

图注：新增的血肿消退信号通路图（其中PPARγ呈红色，表明该蛋白有望在血肿消退的情况下被激活）

2. 添加了Activity Pattern并更新了内容的信号通路

• Cellular Effects of Sildenafil

西地那非的细胞效应

• Ephrin A Signaling Pathway

Ephrin A信号通路

• Hereditary Breast Cancer Signaling Pathway

遗传性乳腺癌信号通路

• Parkinson’s Signaling Pathway

帕金森信号通路

什么是Activity Pattern呢？它能使用户看到通路激活后预期的“理想”活动模式，能够将数据集中观察到的预测活动模式与基于关键通路分子调节的理想模式进行比较。IPA内容团队在阅读文献的基础上，指定了各个通路被激活时应处于特定已知状态的分子。例如，对于下面显示的通路，红色表示激活，绿色表示下调。

图注：谷胱甘肽介导的解毒通路的预期模式

有的通路不适合用单一的激活状态来描述，因此不符合z评分计算的条件。不过，它们仍将根据重叠p值进行评分（右尾Fisher精确检验）。欢迎联系我们获取包含Activity Pattern信息的完整通路列表。对于每条代谢通路，都遵循了这样一组规则来设定预期模式：消耗的通路的底物减少、通路的产物增加、通路中的酶被激活，如上图所示。

总的来说，本季度新增了超过20万项新发现，IPA知识库数据总量目前超过1330万条。新增的内容包括BioGrid的蛋白-蛋白相互作用、ClinVar的癌症突变发现、ClinicalTrials.gov的靶点-疾病发现和药物-疾病发现、OMIM的基因-疾病发现等等。

在Analysis Match、Activity Plot、Pattern Search、Land Explorer等功能中，用户可以探索和分析20万+个公共数据集（具体数据统计如下表），或是将它们与自己的数据集进行比较分析。本次更新数据集最多的是Single Cell Land库，增加了近5万个新数据集。

图注：Land数据集统计表。

IPA的内容团队和开发团队一直以来都在不断提升和完善知识库和功能，源资科技一直以来都在不断为广大的用户带来优质的解决方案和支持服务。欢迎联系我们体验IPA的新功能！