“Pantheon”在希腊语中，意思是“万神殿”，它是供奉宇宙主要神祗的宫殿。在万神殿中，你将会见到神奇的远古神像。传说受到众神祝福的人，将会得到无限的智慧和力量，被授予永远的财富。
    Tripos公司即将推出 CADD软件平台“Pantheon”，集多年的科研实力与最新技术于一体，在药物设计和分子模拟领域打造一个全新的“万神殿”。
    在“Pantheon”平台上，会陆续引入各种药物设计方法。2009年1月，“万神殿”里第一位向我们走来是MUSE（缪斯）女神，她通常是一篇史诗或故事开启的象征。
    MUSE是专为加快先导候选药物识别与优化而设计的一个全新药物设计工作流。利用MUSE，CADD科研工作者以及药物化学工作者可以进行满足特定设计指标的全新结构、骨架、或侧链的识别。适用于先导化合物的替换、骨架替换 或在固定母核周围产生新的R-基团。生成满足多重设计指标的新颖类药化合物。易于与公司内部或第三方打分方法整合用做为设计指标。

特点

◆    对于药物化学工作者、临时需要建模的研究人员以及专业的计算化学工作者来说很直观、并且易于使用
◆    设计与先导化合物结构在形状与药效团特征上一致的新颖候选药物
◆    通过MUSE与其它打分工具（例如对接、ADME预测等）的整合，生成以多重设计指标为基础的新颖类药化合物
◆    丰富、完整的化学结构突变算子，确保类药结构的产生
◆    决不产生化学上无效的结构，具有化学反应性或不希望的基团的结构会被自动滤除
◆    在设计期间，可以自主选定需要保留的母核或者R-基团
 

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原理介绍

MUSE解决了药物发现科学工作者每天都要面对的问题：

◆    应该怎么才能产生满足多种不同设计指标的类药化合物呢？
◆    当搜寻完现有化合物库、一筹莫展的时候，该怎么办呢？
◆    如果对虚拟筛选的结果进行过滤后发现没有什么东西可以满足你设计目标的时候，该怎么做呢？

    MUSE是一个全新药物设计工作流，其使得用户可以解决有机化学上的问题直至获得更多新颖的类药化合物。MUSE自带了基于配体的打分函数，对于一组先导化合物，可以对其优化得到与之在形状与药效团性质上类似的新颖类药化合物。

    成功的药物设计候选物应该考虑到：靶点的药效、靶点的选择性、良好的ADME性质、毒性等。MUSE允许生成这样的新颖类药化合物，其可以满足多重药物设计的参数。

    有了MUSE，你还可以将其它的计算性质整合进来，并利用这些来优化设计新的类药化合物。这些性质可以是用公司内部的或第三方的打分函数（比如血脑屏障透过率、ADME性质、毒性、对接等等...）来生成，这样你就可以轻而易举地产生满足多重设计指标的新颖类药化合物。

    MUSE是用分子进化方法来生成一代一代的分子。从你自己感兴趣的、或者MUSE提供给的一组结构出发，用28种进化分子算子将父代结构突变为子代结构。

    MUSE的进化算子生成新颖类药化合物，在选中这些分子之前，先用优化的设计指标对这些分子打分。多次连续地循环操作，改善了每代生成的分子。

◆    产生的每个子代都要被打分，只有那些最高得分的才能生存下来，直到用户指定的代数或者结构数量才结束。
◆    MUSE产生的结构都是类药的、优美的，在合成的可行性上是没有问题的。
◆    MUSE可以将有化学反应活性或不合理基团的结构自动过滤，并且用户可以自己设定过滤参数，例如添加自定义的规则。

    MUSE以Tripos的Pantheon平台为动力，为药物化学工作者、临时需要用到计算、或专业的计算化学工作者们提供了一个易于使用、直观的界面以加速其新化学结构获得的脚步。

成功案例

◆    EAI-TupletScore, a Pharmacophore and Shape Driven Ligand-Based De-novo Design Program BB Masek, RD Clark, T Mansley, EA Abrahamian, S Nagy, & KM Smith J. Chem. Inf. Model., Submitted 

◆    The use of ligand-based design for scaffold hopping and side-chain optimization: Two case studies M Feher, Y Gao, JC Baber, WA Shirley, and J Saunders Bioorg. Med. Chem.,2008, 16, 422-427 

◆    A Tagged Fragment Method for Evolutionary Structure-Based de novo Lead Generation and Optimization Q. Liu, B. Masek, K. Smith & J. Smith  J. Med. Chem., 2007, 50,5392-5402 

◆    Sharing Chemical Information without Sharing Chemical Structure BB Masek, L Shen, KM Smith, and RS Pearlman J. Chem. Inf. Model., 2008, 48 (2), 256 -261
 

硬件与操作系统要求

Windows：XP 或Vista
Linux： RHEL 4或5 (即将发布)

互补的软件

PantheonTM (即将发布)
KNIMETM with Tripos Chemistry Extensions
Surflex-DockTM
Topomer CoMFATM
Topomer SearchTM
Volsurf+TM