软件资料:
软件名称:SYBYL Base
软件类别:SYBYL-X
录入时间:2011-06-15 18:30:43


软件简介:
SYBYL Base包括了用于分子模拟的丰富工具:结构搭建、优化、比较;结构及相关数据的图形显示;标注、图形输出;多种精确的力场。


详细介绍:


    SYBYL基础软件包含分子建模的基础模块和工具,可以实现分子结构搭建、优化、比较,结构和相关数据的可视化,注释,硬拷贝,抓屏以及多种分子力场的研究。SYBYL基础软件与SYBYL应用软件整合在一起,使其更加有利于用户的科研工作。

SYBYL :完整的计算化学和分子模拟环境
    SYBYL作为Tripos专业分子模拟软件的核心为科研人员提供了认识分子结构和性质的基本功能,专注于为新化合物分子的构建。其功能包括:大分子和小分子结构的搭建、编辑和可视化;分子表格(MSS)的整理和分析;SYBYL程序语言(SYBYL’s Programming Language,SPL)和用户自定义药物设计方法的开放式框架的使用。


MOLCAD:分子表面及其性质的计算和高级的可视化工具

    MOLCAD通过创建可视化的图像揭示分子的基本性质。MOLCAD可计算分子的范德华表面和溶剂可及表面,并图形化显示这些表面上的疏水性、静电能、氢键结合能力、局部曲率和距离。研究人员可以通过MOLCAD直观地观察和比较这些性质,指导药物设计。

 
结合于二氢叶酸还原酶的氨甲喋呤通过MOLCAD生成的分子表面,表面以静电势进行着色


Dynamics:分子结构和动力学研究和可视化工具
    Dynamics提供多种技术来产生某个特定分子的整体构象或者跟踪一个体系随时间的变化,它同时可提供用于结果整理和分析的图形化工具。Dynamics在进行能量计算时可以选择的力场有Tripos、AMBER、MM3和MMFF94,采用的方法有模拟退火等方法。


图中最下方的脂肪酸以CPK形式显示,用于研究分子的运动,重原子的位置在500皮秒内动力学模拟以扫描图的形式显示,不同的颜色强调了模拟过程中不同的阶段
 


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