NLME远程计算节点搭建实例(1)

2019-09-04 19:12:15 来源:源资信息科技(上海)有限公司

新闻摘要:本文主要介绍如何将单独一台Linux计算机部署为一个供Phoenix NLME使用的远程计算节点,即下表中高亮的两列的类型。

前言

本文主要介绍如何将单独一台Linux计算机部署为一个供Phoenix NLME使用的远程计算节点,即下表中高亮的两列的类型。


1.系统环境

1.1本地:

操作系统:Windows 10家庭中文版,64位,版本号1903

必须软件:Phoenix 8.2

所需的许可:Phoenix NLME

系统语言:中文

Phoenix计算设置:

用途概述:作为Phoenix NLME任务的构建、提交端,是计算任务的发起端。


1.2远程:

操作系统:CentOS Linux 7

IP地址:192.168.31.130

必须软件:GCC,R,ksh,epel-release,libxml2-devel,R

必须R包: batchtools,XML,reshape,Certara.NLME8(从Phoenix的安装目录中获取)

所需许可证::Windows端有即可,Linux端无需额外许可证

系统语言:英文(安装过程可以使用中文的界面,但安装完成后用于接收”作业(Job)“的用户的系统必须为英文,否则会因为Phoenix无法识别返回的信息中的中文日期而发生错误)

用途概述:该节点用接受Phoenix Modle发送过来的NLME任务,并执行NLME的任务,然后将任务返回给Phoenix。


2.安装过程

2.1本地:

略,详情参见Phoenix的用户手册。


2.2远程:

#在Linux中安装基础环境软件

yum install epel-release

yum install gcc ksh libxml2-devel R


#安装R的包

R

install.packages(c('batchtools', 'XML', 'reshape'))

q()


#将本地端Phoenix安装目录下的“Certara.NLME8_0.0.1.0001.tar.gz”文件复制到远程端,然后在远程端导航至包含有Certara.NLME8_0.0.1.0001.tar.gz包的目录,使用如下命令安装

R CMD INSTALL Certara.NLME8_0.0.1.0000.tar.gz


#启动远程端的SSH远程访问服务

service sshd start


3.组态(配置)

3.1远程:

#不建议使用root账户执行作业(job),所以这里新建一个用于接收Phoenix NLME提交作业的账户

adduser submit

passwd submit#设置密码,此处我设置为Qq123123123


#创建用于接受并储存Phoenix NLME发送过来的作业的目录

mkdir -m 777 /var/tmp/nlme


#查找R软件的安装目录,便于之后使用

which R




3.2本地:


3.2.1启动Phoenix,

依次在菜单栏点击 ”编辑(Edit)“→”首选项(Perferences)“→”远程执行(Remote Execution)“→”计算节点(Compute Grid)“,

导航至”计算节点(Compute Grid)“配置页面后,点击页面上的”增加(Add)“按钮新增一个配置



#”计算节点(Compute Grid)“配置页面各个文本框的填写说明:

远程计算机名称(User machine name):远程计算的名称,该名称将显示在Phoenix Model的“运行选项(Run Option)”选项卡上的选择框中,可以自行随意定义。

启动脚本(Startup script):在远程主机上执行的脚本,用于设置运行环境。

机器名称/IP地址(Machine name/IP address):远程计算机系统中的实际机器名称或其IP地址。

共享文件夹(Shared folder):应用程序可以在远程计算机上写入结果/临时文件的位置。

机器类型(Machine type):从Windows或Linux中选择。

R文件夹(R folder):远程计算机上R软件的安装路径。

并行模式(Parallel mode):如果机器类型为Windows,请选择None,MultiCore,MPI。如果机器类型是Linux,请选择None,MultiCore,MPI,TORQUE,SGE,SGE_MPI,TORQUE_MPI。

核心数(Number of cores):此网格上可用的计算核心数。

用户(User):登录主机的用户名。除非使用私钥文件,否则这是使用网格所必需的。

密码(Password):登录主机的密码。除非使用私钥文件,否则这是使用网格所必需的。


3.2.2填写配置

对于该实例,配置应填写如下:

User machine name:Tri_Linux_single_test

Machine name/IP address: 192.168.31.130

Shared folder: /var/tmp/nlme

Machine type: Linux

R folder:/bin/R

Parallel mode:MultiCore

Number of cores: 2

User:submit

Password:Qq123123123



填写完成,点击“OK”按钮保存。


4.测试

4.1启动Phoenix,

4.2加载测试用的群体项目文件,

如 C:\Program Files (x86)\Certara\Phoenix\application\Examples\NLME\Pheno.phxproj

4.3导航至“运行选项(Run Option)”选项卡

在对象浏览器中选择一个“Pheno Model”操作对象,然后导航至“运行选项(Run Option)”选项卡。

4.4切换执行项目的计算平台

在“执行在(Execute on)”下拉框中选择“Tri_Linux_single_test”选项,点击Phoenix工具栏上的“执行(Execute)”按钮



4.5执行

点击工具栏中的“执行”按钮,执行该操作对象,等待越20秒左右,即可查看到返回的计算结果。



5.错误排查

如果超过1分钟都没反应,则说明之前的操作步骤中可能存在问题,可按如下步骤排查:

1.导航至Linux计算机上的“共享文件夹(Shared folder)” /var/tmp/nlme,查看其中是否有任何文件,如果没有文件,请检查共享目录的设置与Linux账户的配置。

2.查看“共享文件夹(Shared folder)”下以“DME_”开头的文件夹,在其中找到“NlmeRemote.LOG”文件,打开它了解报错的信息。

3.有时也可查看Windows端上Phoenix软件的Log日志尝试获取报错信息(在Phoenix菜单栏依次点击“帮助(Help)”→“查看日志(View Logs)”)。


6.小结

通过上述的步骤,用户可以轻松的配置出一个可供使用的远程计算平台(该平台包含1台Linux计算机,2个计算核心),核心的数量可更具实际的计算机核心数进行调整,已充分发挥计算机的性能。

除了上述的配置方法外,用户也可更具自身的需求额外安装MPI组件,TORQUE任务调度组件等来扩展远程计算平台的性能与规模,使更多的计算机和计算核心被纳入进来。


7.往期回顾:



点击上图进入上期精彩回顾:Phoenix NLME远程linux计算节点概述


8.参考文献:

《Phoenix Framework Guide》

《Phoenix NLME User's Guide》



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