2016年SYBYL问题集锦

2017-01-16 17:38:54 来源:源资科技市场部

新闻摘要:为了广大用户可以更快速、更深入的掌握SYBYL,我们对2016年客户遇到的问题及解答进行了整理,挑选出了其中一些典型和常见的问题分享给大家,供大家学习和交流。

  为了广大用户可以更快速、更深入的掌握SYBYL,我们对2016年客户遇到的问题及解答进行了整理,挑选出了其中一些典型和常见的问题分享给大家,供大家学习和交流。


1. Q:我在文献里看到一个乙酸分子所在位置可能是配体的结合位置,我可以根据锌原子和这个乙酸分子选择residues吗?里面的selection radius是根据什么来确定呢?
A:你可以根据这个乙酸分子来生成活性口袋,但是得用SYBYL2.1.1版本,SYBYL2.0做不了。具体如下图所示:

 


 


2. Q:我的实验验证了一对配体(多肽,只有10个氨基酸)-受体(GPCR)的体外活性。我们想通过改造配体来增加或者抑制配体的活性。不知该软件平台是否可以对多肽进行修饰改造已达到我的目的。
A: 你可以通过构建3D-QSAR模型来对你的配体结构进行修饰,还可以通过分子对接来研究配体-受体间的结合关系找到影响配体活性的关键因素。


3. Q:分子对接结果,针对total score,crash等数值而言,多大以上才值得进入实验的筛选环节是7以上好呢还是11以上好?
A:total score一般大于6我们就考虑可用了,当然total score越大越好。对接我们一般考虑C-score和total-score两个打分值,当C score大于等于4的时候,total score越大越好。


4. Q:用sybyl做对接的时候,如何做柔性的而不是半刚性的分子对接?
A:如下图,把Hydrogen和Heavy Atoms打上钩就可以进行柔性对接了,但是不建议你在虚拟筛选的时候做柔性对接,这样工作量会非常大,建议你筛选得到比较好的结果后再采用这种方法。

 


5. Q:我用的是SYBYL2.1.1版本,按教程106页进行对接表面的添加时,进行到第7段时出现了一个Syntax Error警示,附件中是报错屏幕截图与教程照片(已用红色圈出问题行)。我试了好几次都不行,而前面得到的对接结果没问题。


A: 这步SYBYL2.1.1和SYBYL2.0的做法不太一样,将小分子merge到蛋白后,直接点击按钮,然后点击SET,然后在Set for atom selection界面输入5A(如下图),点击OK,即可继续往下进行。

 


6. Q:解析出的蛋白质结构,未有报道,靶点未知,如何做分子对接?蛋白是否仍要按照常规步骤优化?
A:未有报道的话得通过同源模建来构建蛋白3D结构,靶点未知的话可以通过自动寻找或关键氨基酸残基或多通道表面来设置对接口袋进行对接(见下图);一般情况下模建出来的蛋白是需要进行进一步优化的,从PDB库中下载的结晶结构一般不需要按部就班优化,但是加氢都是必不可少的一步。

 


7. Q: 分子对接一下大的走向是否可以人工掰动,如果可以,文章如何描述。
A: 有过有理想朝向的对接构象的话,可以固定部分骨架的朝向,从而达到确定大致对接方向的目的,这一操作在sybyl里面叫做限制性对接,基于有参考文献或者实验数据证明该分子的对接应该是这种朝向的,才可以做。


8. Q:想问一下分子对接的时候怎么算RMSD值呢?
A:现在版本的SYBYL无法直接在对接结果中读出RMSD值,但是可以把对接后的构象和原始构象导入界面,然后按如下图示进行RMSD计算,结果在命令栏中直接读取。

 
9. Q: Loop区修补时,Loop区构象 的选择标准是什么?怎么判断该构象是优质构象?
A:根据每一种构象与靶标序列间的同源性和RMS打分,同源性越高、RMS值越低越好。


10. Q:修补侧链 (可以只修补 活性口袋附近的区域)修补过程中,Lovell给出的所有chi只都不能避免目标残基与其他残基的碰撞,该如何处理?
A:选择只有轻微立体碰撞的构象(非红色显示),优化的时候,在蛋白优化界面,增加优化侧链的步数。


11. Q:3D-QSAR分析时,对化合物的数量及活性差异 有什么具体要求?
A:数量一般至少要30个左右,活性范围至少相差三个数量级,高活性、低活性的化合物理应都有,化合物在不同活性范围内的分布最好符合正态分布。


12. Q:我想用HQSAR模块进行留多法交叉验证,计算留多法交叉验证的Q方和预测误差,如何进行?
A:HQSAR:Edit>Preferences,打开如下界面,选择Number of Cross Validation Groups,输入验证样本个数再建模,建模完成后结果在 HQSAR:List>Model中查看。

 


13. Q:我在用SYBYL 进行分子对接后再CScore中选择了一个比较好的分子构象,但是打分函数不是最高的,我把选中的分子构象放到屏幕中后,怎样让它显示和蛋白的氢键结合位置 ?
A:显示方式如下图

 


14.Q:请问用sybyl怎么表示配体与受体之间的氢键长短和键角?配体的疏水和亲水集团怎么表示?
A:测量键长和键角操作如下图所示,小分子疏水性质只能通过表面添加。

 


15.Q:Total_Score是不是根据hydrophobic、Polar、Repulsive、Entropic、Solvation、Crash的6项计算出来的?但是当我对接完成之后,从出现的结果表单里面只能找到以上6项中的两项:Crash和Polar。请问,Hydrophobic,Repulsive, Entropic,Solvation这4项对Total_Score的贡献从哪里找呢?
A:这些都是在打分时会考虑的打分项,但不会直接给出,而是综合这些打分项后,直接给出的是以-logKd值表示的SURFLEX-DOCK打分。


16.Q: 我想问下,二级结构条带的宽度怎么设置?
A:在view>surface and ribbons>modify点击左边的ribbon进入到以下界面(如下图)可对条带宽度进行调节。

 


17. Q:从蛋白库中下载的小分子-蛋白复合物,将小分子提取出来重新对接,对接结果中未出现文献中报道的两个重要氢键,这是什么原因呢?
A:因为文献中报道的氢键是在某个溶剂环境下做的重结晶结果,溶剂环境的不同分子的原子类型就会有所差别,而SYBYL默认在真空环境下,所以我们需要对原子类型进行进一步设置,具体步骤如下:
step1选中配体

step2 提取配体

step3 改变原子类型

step4 将选中的sp3的N改成N.2

step5 键的类型选2(双键)

Step6 同上将另外一个sp2的N改成sp3

Step7 给蛋白和配体加H

Step8 显示H键


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