IPA案例二:IPA MicroRNA Target Filter—鉴定出生物学上最相关的靶向分子

2015-09-10 14:41:21 来源:源资科技市场部

新闻摘要:microRNA 研究是一个快速发展的领域,它需要依赖各种测试技术以及预测算法来鉴定靶向分子。该领域普遍的一个挑战就是鉴定最具有生物相关性的靶向分子。IPA新的microRNA Target Filter功能能够优化通过实验验证或者预测得到的靶向分子。


MicroRNA Target Filter

  microRNA 研究是一个快速发展的领域,它需要依赖各种测试技术以及预测算法来鉴定靶向分子。该领域普遍的一个挑战就是鉴定最具有生物相关性的靶向分子。IPA新的microRNA Target Filter功能能够优化通过实验验证或者预测得到的靶向分子。

 


IPA中microRNA的工作流程
     上传、分析、优化、过滤、可视化microRNA-mRNA 数据及其之间的关系,这些都可以在一个工具中完成。你可以将microRNA和mRNA数据与其他组学数据或者其他高通量的数据结合,从而获得全面化的综合性的生物分析。在microRNA研究中,IPA可以增强您有关亚细胞定位,功能基因家族,药物,通路,疾病等相关知识。


Highlights
      利用来自TarBase, miRecords中实验验证的microRNA-mRNA相互作用,以及来自TargetScan中预测的microRNA-mRNA相互作用,IPA中的microRNA Target Filter功能可以洞察microRNAs的生物学作用。另外,IPA包含了来自同行审查文献中大量有关microRNA的发现。
      通过检测microRNA-mRNA配对,探索相关的生物背景,根据相关的生物信息以及表达信息筛选,IPA可以更准确,快捷,便利的鉴定出mRNA靶向分子。利用生物背景的功能是IPA解决目前microRNA数据分析面临的固有复杂性这一挑战的关键。


利用IPA,您可以轻松的解决以下问题:
      ž哪个microRNA被预测可以靶向某个给定的mRNA?这种预测的质量如何?
      ž根据实验数据,哪些microRNA具有调控作用,从而支持靶向分子的预测?
ž      哪些microRNA参与了某个相关疾病,亚细胞定位或者通路?
      ž特定的mRNAs与microRNAs之间如何相互作用,它们的下游分子是什么?
      ž哪些microRNAs的上调或下调与实验数据中观察到的基因表达相关?
      žmicroRNA表达的变化对细胞过程,通路,疾病以及表型的可能影响是什么?


Capabilities
MicroRNA content:
      TargetScan content: 利用预测的microRNA–mRNA结合关系(来自TargetScan,并且根据可信度高低进行划分),鉴定microRNA作用的mRNA靶标。(IPA预测哺乳动物的microRNAs靶标。利用TargetScan算法,寻找和每个microRNA种子区域相匹配的保守的8个核苷酸和7个核苷酸位点对靶标进行预测。)
      žTarBase content: 利用miRBase标识以及来自TarBase的信息,鉴定实验中证明的microRNA/mRNA。
      miRecords: 来自~550篇发表的论文,实验验证的人源,大鼠,小鼠的microRNA-mRNA的相互作用。
      žIngenuity®Knowledge Base: Ingenuity科学家根据发表的文献,人工对成千上万microRNA相关的发现进行编译。

 


  在IPA中,利用Ingenuity Knowledge Base中的microRNA信息,寻找mRNA靶标,疾病状态,synonyms,调控子,生物标志物,表达等。(上面的例子是Entrez GenemiR-106的Gene View,它是miR-17家族中的一员。MicroRNA IDs来自miRBase,预测的关系来自TargetScan。)


MicroRNA Target Filter
      根据来源、可信度水平、作用或者是否出现在种群,疾病,组织,通路,细胞系,分子中等条件,优化和过滤microRNA-mRNA关系列表。
      利用microRNA Target Filter可以将microRNA数据与网络以及通路进行匹配,在网络中添加分子,并且比较来自不同实验观察中的分子。您可以很快地看到microRNA是如何影响来自Ingenuity KnowledgeBase中的信号和代谢途径的,或者您也可以快速地看到,利用IPA搜索和探索功能,您实验中的基因是如何支持提出的假说的。
      检测microRNA-mRNA配对,探索mRNAs相关的生物学信息。

 

  没有其他的工具可以让您一步就完成鉴定,过滤,优化microRNA-mRNA相互关系。上面,MicroRNA Target Filter已经根据分子类型或者通路优化了microRNA-mRNA相互关系。

 

  一旦关键的关系被鉴定到,它们可以导出到通路中使其可视化并且用于后学的探索。在这个案例中,IPA从超过13000个潜在的靶标分子中只鉴定出两个TOP蛋白-- KIT and MC1R---它们促使了黑色素细胞的发展和色素信号。它们是10个不同的microRNAs的靶标分子,其中5个在转移性的黑色素瘤中呈现相反的表达模式。

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